環境治理研究中心主要是研究評估環境治理的策略及技術，以利改善台灣的環境和生活品質，實現經濟發展與環境保護的平衡，使台灣走向環境友好的低碳社會。為了解決複雜的環境問題，環境治理中心針對大氣、陸域地面水體、土壤、地下水及底泥等各類環境污染問題及環境承載力展開研究，並提供有效環境治理技術與策略。